"The Enteric Nervous System in gut and brain disorders"
Résumé
Les objectifs de la plateforme sont de proposer des solutions bioinformatiques et biostatistiques pour répondre aux besoins des biologistes de l'équipe.
La plateforme accompagne les membres du laboratoire dans l'élaboration de projets impliquant des données de séquençage à haut débit et prend en charge l'analyse de données associée, en interne, via le développement de pipeline bioinformatique dédiés, ou au travers de collaborations.
L’équipe du laboratoire s’appuie sur les infrastructures informatiques de calculs de la plateforme régionale BiRD.
Activités
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Analyse et intégration de données NGS (Next Generation Sequencing)
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Développement de pipelines
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Encadrement d'étudiants
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Veille scientifique
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Collaboration sur projet
Expertises
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Analyses métagénomiques : 16S et WGS
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Analyses transcriptomiques :
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Bulk RNAseq
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Single Cell RNAseq
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Approches Multi-Omics
Focus sur 2 expertises:
Single cell RNA seq
Alors que le bulk RNAseq permet d’obtenir un profil général de l’expression des gènes d’un tissu/d’une population cellulaire, le séquençage single cell RNAseq permet d’étudier le transcriptome à l’échelle de la cellule unique.
Cette approche permet d’étudier les populations cellulaires présentent au sein d’un échantillon et :
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d’identifier des types/états cellulaires rares voir inconnus,
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d’élucider les changements d’expressions géniques au cours du temps ou de processus cellulaires,
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D’identifier les gènes différentiellement exprimés entre différents types cellulaires/conditions expérimentales,...
Collaborations
